Альтернариоз сои проявляется в виде темно-бурых или черных пятен разного размера и формы на пораженных частях растений. На листьях это бурые пятна полигональной формы, которые ограничиваются жилками и четко контрастируют с зеленым цветом здорового листа. На стеблях болезнь проявляется продолговатыми полосками. В сухую и теплую погоду заболевание протекает вяло, с небольшим количеством пятен. Однако при затяжных дождях и повышенной влажности воздуха альтернариоз быстро разрастается на большинстве наземных органов культуры. Пик развития болезни приходится на середину и конец лета, когда пятна могут покрывать листья, корзины и стебли растений, что приводит к их засыханию.
Минимальная температура для прорастания спор возбудителей альтернариоза составляет 4°C, а оптимальная для роста — 20-25°C. Корневые гнили развиваются при достаточном и чрезмерном увлажнении, в частности, при влажности почвы 70%. Возбудители альтернариоза имеют широкую специализацию и могут поражать многие виды растений из разных семейств. Заболевание очень вредно: развитие на всходах приводит к гибели растений, а пораженные взрослые растения отстают в росте, образуют щуплые бобы или не завязывают их вообще, что приводит к непохожим семенам. Масса зерна при сильном поражении может снижаться на 57-77%.
Альтернариоз коварен тем, что способствует отмиранию частей растения последовательно, в конце концов приводя к его гибели. При поражении корзины семена становятся мелкими и щуплыми, или вообще отсутствуют.