Альтернаріоз сої проявляється у вигляді темно-бурих або чорних плям різного розміру та форми на уражених частинах рослин. На листі це бурі плями полігональної форми, що обмежуються жилками та чітко контрастують із зеленим кольором здорового листка. На стеблах хвороба проявляється продовгуватими смужками. У суху та теплу погоду захворювання протікає мляво, з невеликою кількістю плям. Проте, при затяжних дощах і підвищеній вологості повітря, альтернаріоз швидко розростається на більшості наземних органів культури. Пік розвитку хвороби припадає на середину та кінець літа, коли плями можуть вкривати листя, кошики та стебла рослин, що призводить до їх засихання.
Мінімальна температура для проростання спор збудників альтернаріозу становить 4°C, а оптимальна для росту — 20-25°C. Кореневі гнилі розвиваються при достатньому та надмірному зволоженні, зокрема при вологості ґрунту 70%. Збудники альтернаріозу мають широку спеціалізацію і можуть уражати багато видів рослин з різних родин. Захворювання є дуже шкідливим: розвиток на сходах призводить до загибелі рослин, а уражені дорослі рослини відстають у рості, утворюють щуплі боби або не зав'язують їх взагалі, що призводить до невсхожого насіння. Маса зерна при сильному ураженні може знижуватися на 57-77%.
Альтернаріоз підступний тим, що сприяє відмиранню частин рослини послідовно, врешті-решт призводячи до її загибелі. При ураженні кошику насіння стає дрібним і щуплим, або взагалі відсутнє.