Корневая гниль поражает как всходы, так и взрослые растения. У всходов загнивают корни, стебли у корневой шейки и семяядоли. Проростки буреют и часто гибнут еще до выхода на поверхность почвы. У растений, уже появившихся на поверхности, семядоли покрываются бурыми язвообразными ссадинами. Иногда смеркается точка роста, и растения напоминают погашенную свечу с черным фитилем. У более взрослых растений чернеют и отмирают корни и основание стебля, такие растения отстают в росте и увядают.
Возбудителями корневой гнили являются несовершенные грибы из рода Fusarium Link (чаще F. avenaceum Sacc., F. roseum Fr.), а также низший гриб Pythium debaryanum Hesse. Грибы из рода Fusarium во влажную погоду в местах поражения образуют белый или светло-розовый налет, уплотняющийся и приобретающий вид коростинок ярко-розового или оранжевого цвета. Эти грибы развивают обильное спороношение в виде прямых или серповидных бесцветных конидий с 1-5 перегородками. Они быстро распространяются по ветру и капелькам дождя на здоровые растения, что приводит к усилению развития заболевания. Гриб Pythium debaryanum развивает одноклеточную (несептированную) бесцветную рыхлую грибницу с зооспорангиями, а позже в тканях растений и ооспоры.
На супесчаных почвах развитие болезни усиливается при низкой влажности (ниже 50%) и высокой температуре воздуха (выше 20°C), а на тяжелых по механическому составу - при уплотнении почвы и температуре воздуха 18-25°C. Источником инфекции является зараженная почва, где возбудители развиваются на растительных остатках. Часто они могут храниться и на семенах. Поражение корневой гнилью может привести к недобору урожая люпина на 17-50% и более.