Коренева гниль уражає як сходи, так і дорослі рослини. У сходів загнивають корені, стебла біля кореневої шийки і сім’ядолі. Проростки буріють і часто гинуть ще до виходу на поверхню ґрунту. У рослин, що вже з'явилися на поверхні, сім'ядолі покриваються бурими язвообразними ранками. Іноді сутеніє точка росту, і рослини нагадують погашену свічу з чорним гнотиком. У більш дорослих рослин чорніють і відмирають корені та підстава стебла, такі рослини відстають у рості й в’януть.
Збудниками кореневої гнилизни є недосконалі гриби з роду Fusarium Link (частіше F. avenaceum Sacc., F. roseum Fr.), а також нижчий гриб Pythium debaryanum Hesse. Гриби з роду Fusarium у вологу погоду в місцях ураження утворюють білий або ясно-рожевий наліт, що ущільнюється і набуває вигляду коростинок яскраво-рожевого або жовтогарячого кольору. Ці гриби розвивають рясне спороношення у вигляді прямих або серповидних безбарвних конідій з 1-5 перегородками. Вони швидко поширюються вітром і крапельками дощу на здорові рослини, що призводить до посилення розвитку захворювання. Гриб Pythium debaryanum розвиває одноклітинну (несептовану) безбарвну пухку грибницю з зооспорангіями, а пізніше в тканинах рослин і ооспори.
На супіщаних ґрунтах розвиток хвороби підсилюється при низькій вологості (нижче 50%) і високій температурі повітря (вище 20°C), а на важких за механічним складом - при ущільненні ґрунту і температурі повітря 18-25°C. Джерелом інфекції є заражений ґрунт, де збудники розвиваються на рослинних залишках. Часто вони можуть зберігатися і на насінинах. Поразка кореневою гнилизною може призвести до недобору врожаю люпину на 17-50% і більше.