Карликовая головня пшеницы по внешним признакам схожа с твердой головней, но с некоторыми отличиями. Больные растения демонстрируют карликовость и сильное кущение, образуя до 30 стеблей и более. Длина таких стеблей в 2-4 раза меньше, чем у здоровых растений. Пораженный колос более плотный, укороченный, а колосковые чешуи раздвинуты, что придает колосу перистый вид. Иногда колос не выходит из влагалища верхнего листа. На высоком агрофоне может наблюдаться ветвь колоса. Вместо зерна образуются мелкие головневые мешочки с закругленным верхним конусом и маленьким отростком. Болезнь встречается очагами, в основном по краям полей, у дорог, лесополос и опушек. Пораженные посевы практически не дают урожая.
Телиоспоры возбудителя карликовой сажки имеют шаровидную форму, диаметром 19-27 мкм, с хорошо выраженной сетчатостью. На поверхности телиоспор имеется трясущийся бесцветный слой толщиной 1,5-4 мкм. Цвет телиоспор темно-коричневый, в массе черный, но среди них около 8% бесцветных (гиалиновых) с гладкой оболочкой, размером 17-23х12-22 мкм.
Телиоспоры сохраняют жизнеспособность 7-9 лет. Прорастают после созревания под поверхностью почвы, но очень медленно (в течение 30-50 дней). Для прорастания и образования инфекционного мицелия им необходима температура от 0 до +5 ˚С в течение 3-5 недель, слабое освещение, доступ воздуха и длительная влажность верхнего слоя почвы.
Возбудитель системно развивается в инфицированном растении и достигает завязи. По мере развития мицелия в колосе трансформируется в темные плотные фрагменты, из которых в дальнейшем формируются телиоспоры. В период уборки пшеницы головневые мешочки разрушаются, телиоспоры спорят семена и осыпаются на почву. Споры карликовой сажки прорастают только на поверхности почвы.
Источником инфекции могут быть заспоренные семена и почва. Резерваторами инфекции могут быть дикие злаки. Заражение озимой пшеницы происходит на поверхности почвы в момент появления всходов и до начала выхода в трубку. Особенно интенсивное заражение происходит на слабокислых, нейтральных и малощелочных почвах. При неглубоком заворачивании семена растения поражаются чаще, чем при глубоком.