Начальная инфекция обычно проявляется в виде маленьких желтых пятен на листьях спустя неделю после заражения. Эти пятна быстро превращаются в пустулы. При южной ржавчине эти пустулы в большинстве своем формируются на верхних поверхностях листьев, у шелухи и на лиственных покровах. Пустулы выглядят как небольшие круглые приподнятые точки, расположенные плотными группами. Если пустулы образуются на одной стороне листа, часто на противоположной стороне может появиться желтое пятно. Вокруг них с южной ржавчиной могут образовываться желтые ореолы в зависимости от степени толерантности или стойкости кукурузного гибрида.
Заболевание ржавчиной кукурузы имеет паразитарный характер и может проявляться уникальными признаками. Иногда большие участки листьев желтеют из-за ржавчины, но вокруг каждой пустулы сохраняется зеленая ткань. Это свидетельствует о том, что возбудитель может поддерживать питание листа вокруг пустулы для продолжения своего развития. Пустулы южной ржавчины имеют цвет от оранжевого до светло-коричневого. Покрывающий пустулы эпидермис обычно остается целым значительно дольше, чем при обычной ржавчине.
Для южной ржавчины не существует установленных практических порогов отделки. Выбор применения фунгицидов требует понимания чувствительности кукурузы к этому заболеванию. Интервал между обработками фунгицидом может составлять 7-14 или 21 день, что зависит от устойчивости кукурузной линии, активности распространения болезни, выбранного типа фунгицида и условий, способствующих повторному инфицированию.