Початкова інфекція зазвичай проявляється у вигляді маленьких жовтих плям на листках через тиждень після зараження. Ці плями швидко перетворюються на пустули. При південній іржі ці пустули здебільшого формуються на верхніх поверхнях листя, біля лушпиння та на листкових покривах. Пустули виглядають як невеликі круглі підняті точки, розміщені щільними групами. Якщо пустули утворюються на одній стороні листка, часто на протилежній стороні може з’явитися жовта пляма. Навколо них з південною іржею можуть утворюватися жовті ореоли, залежно від ступеня толерантності або стійкості кукурудзяного гібриду.
Захворювання на іржу у кукурудзи має паразитарний характер і може виявлятись унікальними ознаками. Інколи великі ділянки листя жовтіють через іржу, але навколо кожної пустули зберігається зелена тканина. Це свідчить про те, що збудник може підтримувати живлення листка навколо пустули для продовження свого розвитку. Пустули південної іржі мають колір від оранжевого до світло-коричневого. Епідерміс, що покриває пустули, зазвичай залишається цілим значно довше, ніж при звичайній іржі.
Для південної іржі не існує встановлених практичних порогів обробки. Вибір застосування фунгіцидів вимагає розуміння чутливості кукурудзи до цього захворювання. Інтервал між обробками фунгіцидом може становити 7-14 або 21 день, що залежить від стійкості кукурудзяної лінії, активності поширення хвороби, обраного типу фунгіциду та умов, які сприяють повторному інфікуванню.