Чернокорень лекарственный является двухлетним растением, имеющим достаточно специфические биологические особенности и применение в лечебных целях.
Рост на полях, пастбищах, в садах, на лесокультурных площадях, на питомниках. Встречается на пустырях и вдоль лесных дорог.
Стебло: пряме, у верхній частині розгалужене і густо вкрите листям, а в нижній, біля основи, залишками відмерлого листя. Висота стебла 30-100 см. Прикореневі листки (1520 см завдовжки, 20-50 мм завширшки довгасто-ланцетні, гострі, звужені в черешок, до початку цвітіння засихають. Стеблові — чергові, ланцетні, гострі, зісподу майже повстисті; верхні — сидячі з напівобгортною основою.
Суцвіття: квітки в завитках, віночок темно-червоний, рідше білуватий. Квітки — правильні, пониклі, у довгих завійках, зібраних у волоть. Квітконіжки прямостоячі, при плодах відхилені вниз. Чашечка зрослолиста, частки чашечки довгастояйцеподібні. Віночок зрослопелюстковий, п'ятичленний (5-7 мм у діаметрі), буро-червоний або брудно-темночервоний, часом з синюватим або білуватим відтінком, трубчасто-лійкоподібний або лійко-колесоподібний з темними тупими лусками у зіві. Тичинок п'ять, маточка одна, зав'язь верхня, чотирилопатева, стовпчик короткий, приймочка головчаста. Тичинки і маточка заховані у трубочці віночка.
Корінь: розгалуженострижневий.
Плід : горішок. Форма плоду оберненояйцевидна, здавлена з боків, густо вкрита гачечками. Колір темно-сірувато-коричневий. Розмір: довжина 4,5-6, ширина 4-5, товщина 3 мм. Маса 1000 насінин 8-10г.