Вода, забруднена органічними речовинами (часточками ґрунту, водоростями), може знижувати ефективність гербіцидів через зв’язування їх діючих речовин. Деякі гербіциди (наприклад, гліфосати і параквати) мають високий коефіцієнт поглинання органічного вуглецю, легко зв'язуються з органічними частинками у робочому розчині і таким чином не можуть адсорбуватися листям рослин. Інші гербіциди, з низьким коефіцієнтом поглинання органічного вуглецю (наприклад, дикамба, бентазон, 2,4-Д, сетоксидим), менш піддаються впливу забрудненості води.
Інструкції щодо застосування органічного вуглецю або речовин, що його містять, зазвичай розробляються відповідно до конкретних препаратів. Вони включають рекомендації щодо дозування, методів аплікації та умов використання, які допомагають забезпечити ефективність і безпеку застосування. Завжди слід дотримуватися рекомендацій виробника та враховувати специфічні властивості органічного вуглецю при використанні у сільському господарстві або інших галузях.