Альтернариоз на посевах пшеницы проявляется во время цветения растений и молочной спелости зерна в виде темных пятен на колосковых чешуйках. Во время созревания зерна наблюдается почернение зародыша («черный зародыш»). Возбудителем болезни является несовершенный гриб Alternaria tenuis Fr, который проникает внутрь семян. Грибница скапливается преимущественно в плодной оболочке и лишь иногда достигает эндосперма. Пораженное зерно, как правило, крупное и хорошо сформированное, что отличает его от пораженного гельминтоспориозом.
Значительное распространение альтернариоза наблюдается в годы с высокой температурой (выше +24°C) и влажностью воздуха в период цветения пшеницы и молочной спелости зерна.
Семена, пораженные альтернативой, являются физиологически недоразвитыми. Оно обладает низкой энергией прорастания и сходства. Растения, выращенные из таких семян, отстают в росте и развитии, что приводит к снижению урожайности. Мука из зерна с «черным зародышем» имеет темный цвет и низкие хлебопекарные качества.