Альтернаріоз на посівах пшениці виявляється під час цвітіння рослин і молочної стиглості зерна у вигляді темних плям на колоскових лусочках. Під час дозрівання зерна спостерігається почорніння зародка («чорний зародок»). Збудником хвороби є недосконалий гриб Alternaria tenuis Fr., який проникає всередину насіння. Грибниця накопичується переважно в плодовій оболонці і лише іноді досягає ендосперму. Уражене зерно, як правило, велике і добре сформоване, що відрізняє його від ураженого гельмінтоспоріозом.
Значне поширення альтернаріозу спостерігається в роки з високою температурою (вище +24°C) і вологістю повітря в період цвітіння пшениці та молочної стиглості зерна.
Насіння, уражене альтернаріозом, є фізіологічно недорозвиненим. Воно має низьку енергію проростання і схожість. Рослини, вирощені з такого насіння, відстають у рості та розвитку, що призводить до зниження врожайності. Борошно з зерна з «чорним зародком» має темний колір і низькі хлібопекарські якості.