Болезнь проявляется во время выколачивания. У пшеницы и ячменя почти все части колоса, кроме стержней, превращаются в рыхлую черную споровую массу еще до выхода из влагалища листа. Пораженный колос выходит из влагалища изначально покрыт тонкой прозрачной оболочкой, сквозь которую хорошо видна черная масса телиоспор. Затем оболочка разрушается и телиоспоры распыляются. Заражение происходит во время цветения, иногда возможно и после цветения. При прорастании зерна гифы гриба активизируются и поражают проростки растений. Грибница диффузно распространяется по стеблю и иногда проникает даже в листья. В период формирования колоса мицелий разрастается и утолщается. Позже стенки клеток гиф становятся трясущимися и вся грибница превращается в сплошную массу, в которой дифференцируются телелиоспоры, и вместо частей колоса образуются споровые массы.
Благоприятными условиями для поражения посевов являются повышенная влажность воздуха и высокие температуры (+18...+24°C) в фазе цветения. Холодная погода во время всходов и сухая погода в период от всходов до колошения ярового ячменя повышают вред летучей сажки.
Летучая головня распространена во всех зонах выращивания пшеницы, ячменя, ржи. Особенно большой вред наносит посевам ячменя. Пораженные растения не образуют зерна, надземная масса их на 30-40% меньше, чем у здоровых растений. Есть и скрытые потери: некоторые растения поправляются, но качество и количество урожая снижаются, повышается восприимчивость к другим болезням.
Телиоспоры хранятся на поверхности семян и в почве на пораженных растительных остатках. Они могут оставаться жизнеспособными в почве несколько лет, особенно если находятся на глубине 20-30 см.